Las publicaciones realizadas por el CEJU, derivan de las investigaciones financiadas con recursos propios y con recursos externos, principalmente del CONICYT y buscan aportar al desarrollo del conocimiento sobre la realidad juvenil en tres líneas de investigación, a saber: Juventud y Transformaciones Sociopolíticas y Culturales, Juventud y Educación e Inclusión y Exclusión juvenil, abordando temas como juventud y cambio cultural, juventud y valores, juventud y ciudadanía, gestión del conocimiento juvenil, convivencia y violencia escolar, religiosidad juvenil, escenarios de inclusión/exclusión social en jóvenes, y caracterización de la juventud Chilena.