El CEJU impulsa, forma y desarrolla equipos académicos de investigación cuya producción y difusión da cuenta de las opciones realizadas por la Universidad en su Misión. Las líneas de Investigación del CEJU buscan indagar sobre los desafíos para la juventud de la realidad social y cultural, especialmente de los jóvenes estudiantes, para contribuir desde ello al desarrollo de la equidad social, en conformidad con el legado del Cardenal Raúl Silva Henríquez.